С 1805 г. по 1825 г. приход возглавлял в званиях ахуна и мудариса Габдессалям Габдрахимов (1765-1840), который впоследствии стал муфтием Оренбургского Магометанского Духовного Собрания.
Со времени его утверждения городовым муллой в 1799 г. Габдессалям Габдрахимов открыл в собственном доме мусульманское училище, где в 1810 г. обучались «закону магометанскому и грамоте писать и читать» уже 15 мальчиков и 12 девочек из числа проживающих в Оренбурге татар, бухарцев, хивинцев и ташкентцев. На воспитание к нему посылали своих детей и казахские старшины, что способствовало его тесному сближению с национальной элитой, установлению между ними доверительных и теплых oтнoшeний.
В 1824 г. ахун Габдессалям Габдрахимов обратился в Оренбургскую пограничную комиссию с просьбой осуществить ремонт городской соборной мечети. По устному распоряжению оренбургского военного губернатора П.К. Эссена комиссия предложила начальнику инженеров отдельного Оренбургского корпуса подполковнику Р. Генсу направить одного из его подчиненных для оценки техническо состояния построек и составления сметы ремонтных работ. Хотя документ, подготовленный инженер-поручиком Исаевым в августе 1824 г., оценивал их стоимость в 1527 руб. 15 коп., оренбургской пограничной комиссии удалось добиться значительной экономии бюджетных средств. В октябре она доложила губернатору о завершении ремонта при общих затратах в 800 руб.: были переложены две печи, оштукатурены и покрашены стены и потолки, заново перекрыта крыша, давшая течь, исправлена ограда и заменены ворота.
Своей лояльностью, ответственным выполнением различных заданий Габдессалям Габдрахимов завоевал полное доверие и большой авторитет у губернских властей. После смерти Мухаммеджана Хусайнова, последовавшей 17 июля 1824 г., оренбургский военный губернатор П.К. Эссен предложил назначить на высшую духовную должность хорошо известного ахуна Оренбургской городской мечети, который «по отличному познанию им восточных языков и правил Веры Магометанского Закона… приобрел к себе от магометан, в здешнем крае обитающих, паче от степных Киргиз-Кайсаков, уважение, так и по усердию его, к Правительству выказанному по многим ему поручениям». Указом императора Александра I от 30 сентября 1825 г. Габдессалям Габдрахимов был утвержден новым муфтием, а 15 февраля 1826 г. в Уфе принял присягу и был введен в присутствие Оренбургского магометанского духовного собрания.
С 1848 – по 1863 г. – Усман Мусин в званиях ахуна, имама, хатыба и мудариса; а с 1864 г. – ахун Хисамутдин Абдулкаримович Абдулкаримов. Поскольку, помимо своих непосредственных обязанностей, он занимался с учениками из мусульман в Оренбургской городской гимназии, постоянно приглашался в присутственные места, воинские команды, к судебным следователям и полицейским приставам для привода людей к присяге, а также при производстве следствия в ближайших селениях по поручению ОМДС, прихожане избрали ему в помощь 2-м муллой башкира Мухамедшакира Мухамедьяровича Альметева, который был утвержден в должности и званиях имама, замига, хатыба и мудариса журнальным постановлением ОГП от 2 марта 1876 г. № 368. Он родился в 1844 г. в деревне Чуюнчиной Альшайской волости Белебеевского уезда Уфимской губернии. Вскоре после назначения 2-м муллой, уже в 1877 г. Альметев встал во главе прихода. Начало его духовной службы ознаменовалось серьезным испытанием для прихода, поскольку в крупный городской пожар 1876г. 1-я соборная мечеть Оренбурга сгорела, но была восстановлена на средства купца А.М.-Г. Хусаинова и приобрела совершенно другой облик: 2-этажного каменного здания с массивным минаретом, примыкающим с северной стороны.
16 мая 1878г. журналом ОГП возведен в почетное звание ахуна. 1 января 1897 г. по докладу министра внутренних дел Император пожаловал ему золотую медаль «За усердие» на Станиславской ленте.
В 1905 г. приход возглавил Мухамедвали Габдулганиевич Хусаинов, который до этого по указу ОГП от 6 марта 1899 г. № 215 исполнял при той же мечети обязанности 2-го муллы в званиях имама-хатыба и мудариса. Родился 15 мая 1867 г. в семье известного татарского предпринимателя и благотворителя Габдулгани Галиевича Хусайнова. Долгое время жил в Турции и Аравии, где получил духовное образование. М.Г. Хусайнова можно с полным правом назвать человеком своего времени, которому были свойственны все его противоречия. С одной стороны, он был мусульманским священнослужителем, причем исповедовал крайне консервативные и даже реакционные взгляды, издавал журнал «Дин ва Магишат» («Религия и жизнь»), который стал своеобразным рупором кадимизма, упорно придерживался старых методов обучения в своем медресе «Валия», жестко подавляя выступления шакирдов и иные проявления вольномыслия. С другой стороны, как и все Хусайновы, он одновременно активно занимался предпринимательской деятельностью, с использованием передовой техники того времени. Вали-хазрат был учредителем Торгового Дома «М.Г. Хусаинов и К°», владельцем крупной паровой просообдирочной мельницы, типографии, которая работала в том числе и по частным заказам, арендатором городских каменоломен, членом учетно-ссудного комитета Оренбургского городского общественного банка в 1910-1917 г.г. В годы советской власти он подвергся репрессиям, был арестован и в 1933г. умер в тюрьме г. Троицка.
При 1-й соборной мечети работали мектеб и одно из наиболее известных кадимистских медресе, которое по имени своего хальфы, а затем и мудариса получило название «Валия». Здесь учились писатель, ученый, государственный деятель Галимджан Ибрагимов (1887-1938), религиозный и общественный деятель, драматург, заведующий типографией «Дин ва Магишат» Галямутдин Ханисламов (1875 – после 1938).
В 1910-1911 гг. мусульманские учебные заведения при 1-й соборной мечети Оренбурга насчитывали 140 человек: по 70 учащихся в мектебе и медресе. Возраст воспитанников начальной школы колебался от 7 до 15 лет, а в среднем училище встречались лица до 30 лет и старше. При поступлении от них не требовалось никаких документов или сдачи экзаменов. За обучение взималась плата в размере 1 руб. ежегодно, что делало образование доступным для широких слоев населения. Вместе с добровольными пожертвованиями прихожан и ежегодным пособием Оренбургской городской управы в размере 500 руб. это давало ежегодно около 1000 руб., за счет которых покрывались расходы на отопление, освещение и уборку училища, очистку двора и другие хозяйственные нужды.
Программа медресе была рассчитана на 5 лет: 1-й год – азбука, вероучение (гыйльмехал), арифметика, письмо; 2-й – чтение, Коран, арифметика, диктовка, вероучение; 3-й – чтение, Коран, таджвид, вероучение, арифметика, диктовка, чистописание; 4-й – чтение, Коран, таджвид, священная история, вероучение, география, арифметика, диктовка, изречения Пророка (хадисы), чистописание; 5-й – Коран, вероучение, география, арифметика, диктовка, священная история, изречения Пророка, чистописание. Медресе не только продолжало работать в первые годы советской власти, но и было преобразовано в восьмигодичную высшую мусульманскую богословскую школу. Оно было закрыто лишь в 1928 г., а его организаторы арестованы и осуждены.
По состоянию на 1924 г. активными прихожанами мечети значатся 108 человек. После ухода Мухамедвали Хусайнова с 1929 г. религиозную службу возглавил Мухамади Усманович Мусин. Он родился 1 ноября 1850 г. в семье имама-хатыба 1-й соборной мечети Усмана Мусина. По журнальному постановлению ОГП от 31 июля 1878 г. № 737 был утвержден к ней же азанчеем, могущего исправлять должность имама в небытность такового, и мугаллимом.
В 1930 г. прекратилась деятельность последнего имама советского периода Усмана Мусина, так как мечеть была закрыта, а здание передано под студенческое общежитие. Позже здание было преобразовано в жилой 2-х этажный многоквартирный дом.